卫指挥使司是统领京师的卫所，主要统领京师。明朝于都指挥使司之下设卫指挥使司，长官为指挥使1人，正三品，副长官为指挥同知2人，从三品。属员有指挥佥事4人，镇抚司镇抚2人，经历司经历，知事，吏目，仓大使、副使各1人。
京卫亲军直隶于五军都督府，京卫中管营造的卫隶于工部，此外还有屯戍陵寝的诸卫。外卫分隶于都司、行都司或留守司。各卫统领本卫及属所的军政，指挥使，指挥同知、指挥佥事的职掌分工类似于都司，凡指挥使、同知、佥事负责管理卫事者，称为掌印、佥书，分管屯田、验军、营操、巡捕、漕运、备御、出哨
