在鱼的品种差异方面，日本锦鲤与国产锦鲤的区分主要有以下几点：
日本锦鲤色彩厚重并略带金属光泽；国鲤颜色较浅并略为透明；日本锦鲤体型横向较宽，头部，大鱼较为明显；日本锦鲤尾鳍较短，各鳍呈浓厚的白色；国鲤尾鳍较长，各鳍半透明。单尾十斤以上日本锦鲤给人直观感觉，贵气逼人；体形不同，日本锦鲤呈纺锤形，国产锦鲤呈短宽形；日本锦鲤红质厚实，白地雪白，嚜质深黑，国产锦鲤红质浅呈桔黄，白地偏黄，嚜质呈喷射状。
