1、派系党争，政权不统一。清军南下，南明小朝廷还在争论谁才是正统，甚至还武力相向。后期还对投诚的农民起义军实行打压。
2、军队战斗力弱，军阀私心重。南明各个小朝廷基本没有正规军队，靠滥封官爵拉拢军阀，而各地军阀虚报兵力，军心涣散，战力软弱，面对清军立马投降，甘心充当清军马前卒。
