鳄龟是食肉动物，也会吃腐食。其食性广而杂，小鱼，小龙虾，各种贝类及各种水果蔬菜等都是其猎食的对象，野外个体还会捕食蛇类，鸟类；幼龟甚至会吃植物，它们一般会在缺乏食物的情况下或是夏天才会如此。小鱼往往是幼龟的食物来源，它们差不多任何东西也会吃下。它们主要是吃鱼类及死鱼，无脊椎动物， 腐肉及两栖动物，也会吃蛇或其他龟，亦会吃鸟。饲养下的大鳄龟会吃任何肉类，包括牛肉，鸡肉及猪肉，成年的大鳄龟也曾猎食细小的鳄鱼。
