1、形态与结构变异：
（1）细胞du壁缺陷型(L型)变异：临床上由于抗菌药物用不当,可使病人体内细菌发生L型变异。某些L型细菌有致病性,可引起肾盂肾炎、骨髓炎、心内膜炎等疾病。
（2）荚膜变异：例如从病人标本中分离的肺炎球菌有较厚的荚膜，致病性强，但在无血清的培养基中传代数次后，可失去荚膜，致病性亦随之减弱。
2、菌落变异：
细菌的菌落可分为光滑型(smooth,S)和粗糙型(rough，R)两种。S－R变异常见于肠道杆菌,如沙门菌属与志贺菌属的细菌。新从患者中分离的菌株，其菌落呈S型，但经人工培养基多次传代后，菌落变为R型。
3、毒力变异：
可表现为毒力减弱或增强，如用于预防结核病的卡介苗(BCG)即是将有毒力的牛型结核杆菌置于含甘油、胆汁、马铃薯的培养基中，经过230次移种,历时13年而获得的一种毒力减弱、抗原性完整的变异种。
4、耐药性变异：
原来对某种抗菌药物敏感的细菌可以发生变异而成为耐药菌株，这种现象称为耐药性变异。如金黄色葡萄球菌对青霉素的耐药菌株目前已高达95%以上。
