厦门大学经济学院渊源于1921年建校初期的商学部,经过90多个春秋的锤炼与洗礼,经济学科已经成为厦门大学最重要的优势学科和支柱学科之一。早在上世纪40年代,著名经济学家、教育家和杰出的社会活动家、担任厦门大学校长长达19年的王亚南教授就在厦大开创了"中国经济学",为中国的经济学建设做出了具有里程碑意义的贡献,为本学科奠定了深厚的根基。
1981年9月15日经教育部批准,原厦门大学经济系升格为厦门大学经济学院,1982年5月24日举行成立大会,这是中国大陆重点综合性大学建立的第一所经济学院。30多年来,该院一直是中国大陆最重要的经济学教学与科研基地之一。2005年6月,以教育部人文社科重点基地为基础、依托于"985工程"二期项目的建设,厦门大学成立了王亚南经济研究院,为本学科的创新拓展增添了闪亮的增长点,有力地推进本学科走向世界。