变更子女抚养权的程序是：
1、离婚后，一方要求变更子女抚养关系的，或者子女长到有识别能力时，主动提出与另一方一起生活时，应另行起诉。具有法定事由的，应予支持变更抚养关系。
2、父母双方协议变更子女抚养关系的，应予准许。
【法律依据】
根据《婚姻法》第三十六条，父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或母直接抚养，仍是父母双方的子女。离婚后，父母对于子女仍有抚养和教育的权利和义务。
