冷藏保鲜法。双孢菇采后经挑选分级，用清水冲洗干净，为防止菇色发黄或变褐，可放入0.01%焦亚硫酸钠水溶液中漂洗3～5分钟，然后迅速用冷水对菇体进行预冷处理，沥干水分，装于通气的塑料筐中，放入0～3℃、相对湿度90%～95%的冷库中储藏，注意通风换气，此法可保鲜8～10天。
冰藏保鲜法。在寒冷的季节通过收集天然冰块，在温暖的季节则利用机械制冷获取冰块进行保鲜存放；一般采用硅窗袋包装双孢菇，调整袋内二氧化碳和氧气浓度，再放入留有通气孔的包装箱内。
速冻保鲜法。在100℃的沸水中添加0.3%柠檬酸，按100千克沸水一次投入15千克鲜菇，烫煮1.5～2.5分钟，并随时搅动使菇体受热均匀，体表呈淡黄色，具有弹性和光泽，熟而不烂。烫煮后的菇体及时用10～20℃的冷水冲淋，再移入3～5℃流动冷水池中继续降温，然后送至冷库，并使冻菇的中心温度保持在-18℃以下，此法可长时间保持双孢菇原有的品质与风味。
