1、蜜源不同：荔枝蜜和龙眼蜜在蜜源上截然不同，其中荔枝蜜的蜜源植物是无患子科荔枝属植物荔枝，一个荔枝花期每个意蜂生产群可产荔枝蜜约20～40斤，而龙眼蜜的蜜源植物是无患子科龙眼属植物龙眼，一个龙眼花期每个意蜂生产群可产龙眼蜜约40～60斤。
2、产地不同：荔枝蜜和龙眼蜜在产地上不尽相同，其中荔枝蜜的产地就是荔枝树的集中分布地，尤以广东、福建、广西、云南、四川、贵州等地分布最为集中，而龙眼蜜的产地则是龙眼树的集中分布地，主要以福建、广东、广西、台湾、海南等地分布最为集中。
3、外观不同：荔枝蜜和龙眼蜜在外观上略有差异，其中荔枝蜜多呈琥珀色的粘稠液体状，有浓烈的荔枝所特有的花香味，易结晶且结晶后呈细腻的乳白色，而龙眼蜜则多呈琥珀色或深琥珀色，有浓烈的龙眼所特有的花香味，不易结晶且结晶后呈琥珀色的粗粒状。
