1、严重胃病：纳豆嘌呤含量高，有促进胃液分泌的作用;纳豆中的膳食纤维会对胃黏膜造成机械性损伤。因此，患有消化性溃疡、急性胃炎和慢性浅表性胃炎的病人不要食用纳豆。
2、肾脏疾病：纳豆含非必需氨基酸较高，对于肾炎、肾功能衰竭和肾脏透析病人不利，故应禁食。
3、痛风：痛风是由于嘌呤代谢失常引起的，纳豆含嘌呤较多，所以痛风患者要尽量少食纳豆。
4、急性胰腺炎：急性胰腺炎发作时，严禁食用一切能刺激胃液和胰液分泌的食物。由于纳豆能促进胃液分泌，所以也不适宜食用。
5、伤口未愈：纳豆激酶抗血液凝结力强，手术后及伤口未愈合的病人服用易造成伤口出血。
