细菌合成的产物有维生素，生长刺激素，生物碱，毒素，抗生素等等。
抗生素是对其他种类微生物或细胞能产生抑制或致死作用的一大类有机化合物。它是由生物合成或半合成的次级代谢产物。它们能在细胞内积累或分泌到胞外，并能抑制其它种微生物的生长，因而这类物质在产生菌与其它种生物的生存竞争中，在防治人类疾病与植物的病虫害上起着重要作用。
维生素是指某些微生物在特定条件下合成远远超过产生菌本身正常需要的那部分维生素。维生素是生理学上的概念，不是化学上的同类物质。丙酸细菌、芽孢杆菌和某些链霉菌与耐高温放线菌在培养过程中可以积累维生素B12，某些分枝杆菌能利用碳氢化合物合成吡哆醛与尼克酰胺，某些假单胞菌能过量合成生物素，各种霉菌不同程度地积累核黄素等。
