玉米的颜色主要是取决于糊粉层是什么颜色，也就是那里含有什么样的色素。糊粉层是禾谷类作物种子皮层的最内层，位于种皮和胚乳之间，它所含有的色素属于花青素，根据其中花青素的种类和含量，将会表现出紫色、蓝色、红色等颜色，这也就是玉米呈红色的原因。玉米的颜色的深浅取决于胚乳的颜色，若是胚乳里含有大量的胡萝卜素，则这种品种的玉米粒看上去的颜色就相对于较深。若是玉米品种的胚乳粒胡萝卜素的含量很低，则颜色看上去较浅。所以玉米红色的深浅与胚乳也有很大的关系。
