蜂蜜柚子茶可以冷冻也可以常温储存，因为蜂蜜在温度为七八十摄氏度以上的环境下营养成分才会被破坏。
将蜂蜜柚子茶放在阴凉干燥的地方，每次倒完后需将瓶盖拧紧。蜂蜜是属于弱酸性的液体，若在贮存过程中接触到铅、锌、铁等金属后，会发生化学反应。因此，应采用非金属容器如陶瓷、玻璃瓶和无毒塑料桶等容器来贮存蜂蜜。 自行制作的蜂蜜柚子茶由于没有添加防腐剂，所以对人体健康十分有益，但也存在一个弊端即不利于保存，放在冰箱里冷冻可适当延长保质时间。
