股票注册制和核准制的区别是，证券发行审核机构只对注册文件进行形式审查，不做实质判断。而核准制是实质管理，证券发行不仅要以真实状况的充分公开为条件，还必须符合证券管理机构制定的发行的实质条件，核准制的目的在于禁止质量差的证券公开发行。
股票发行注册制主要是指发行人申请发行股票时，必须依法将公开的各种资料完全准确地向证券监管机构申报。证券监管机构的职责是对申报文件的全面性、准确性、真实性和及时性作形式审查，不对发行人的资质进行实质性审核和价值判断而将发行公司股票的良莠留给市场来决定。
核准制是上市公司股票申请上市须经过核准的证券发行管理制度；发行人在申请发行股票时，不仅要充分公开企业的真实情况，而且必须符合有关法律和证券监管机构规定的必要条件，证券监管机构有权否决不符合规定条件的股票发行申请：证券监管机构对申报文件的全面性、准确性、真实性和及时性作审查，还对发行人的营业性质、财务状况、经营能力、发展前景、发行数量和发行价格等条件进行实质性审查，并据此作出发行人是否符合发行条件的价值判断和是否核准申请的决定。
