1、概念不同：
（1）益生元是一种膳食补充剂， 它通过选择性的刺激有益菌的生长与活性而对宿主产生有益的影响，从而改善寄主健康的不可被消化的食品成分。
（2）益生菌是一定数量的、能够对人体健康产生有益作用的活的微生物制剂。通俗的说，益生菌就是一种活的、对肠道健康有益的微生物。
2、本质不同：
（1）益生元的本质是不能被宿主消化吸收的无生物活性的低聚糖类，它是作为益生菌的“养料”，促进益生菌的生长繁殖，保证机体健康。
（2）益生菌的本质就是外部添加的，是一种对动物有益的细菌，可直接作为食品添加剂来吃，以维持肠道菌群的平衡，是有生物活性的有益菌群的统称。
3、作用不同：
（1）益生元的作用多元化，它不仅能增值有益菌，还能促进产生短链接脂肪酸，降低肠道PH值，抑制有害菌，能促进肠道产生对抗病菌免疫球蛋白，帮助肠道筑成“生物屏障”和“免疫屏障”，对促进健康更有帮助。
（2）益生菌是外源细菌，直接作用于肠道，维持肠道菌群平衡。但是，它有比较明显的针对性，即对不同的病因及体质，添加不同的菌种，如双歧杆菌对胃肠道疾病有显著功效等。
