1、企业绩效评价体系指标，既要满足国家管理当局宏观调控需要，又要有利于债权人对企业的客观评价，还要有利于企业自我评价与考核。
2、缺乏无形资产和人力资产方面的指标。这主要说明要注重无形资产和人力资产两个重要的潜力指标。
3、现行指标体系主要运用企业的历史数据进行静态分析。运用历史数据进行静态分析不能准确反映企业动态经济状况，也未能充分关注企业或有事项及期后事项对企业财务状况的影响程度。
4、采用单纯的定量评价方法，缺乏与定性评价方法的综合运用。定量评价方法都是以企业定期编制的财务会计报表为基础，对企业的盈利能力、偿债能力等做出评价。
5、评价指标都是以历史为基础进行纵向对比分析，忽视了横向比较。我国企业绩效评价往往以上年实际或历史情况作为基数进行对比分析。
