1、发票的印制要求不同：增值税专用发票由国务院税务主管部门指定的企业印制；其他发票，按照国务院主管部门的规定，分别由省、自治区、直辖市国家税务局、地方税务局指定企业印制。
2、发票使用的主体不同：增值税专用发票一般只能由增值税一般纳税人领购使用；普通发票各种纳税人都可以使用。
3、发票的内容不同：增值税专用发票除了普通发票所具备的内容外，还包括纳税人税务登记号、不含增值税金额、适用税率、应纳增值税额等内容。
4、发票的联次不同：增值税专用发票有四个联次和七个联次两种。普通发票则只有三联。
5、发票的作用不同：增值税专用发票不仅是购销双方收付款的凭证，而且可以用作购买方扣除增值税的凭证；而普通发票除运费、收购农副产品、废旧物资的按法定税率作抵扣外，其他的一律不予作抵扣用。
