鱼缸养锦鲤保持水清澈透明的关键是过滤。过滤主要是过滤鱼便，水里的毒素是鱼便产生。
水族过滤系统主要有上滤、滴流合、底滤、滤桶、侧滤、背滤，过滤系统形式是不同，但本质上都是在缸外培养硝化菌的过滤系统，即是鱼便要抽取到那些滤体里才能进行硝化处理，才能把鱼便的氨清除。
过滤系统通过配合造浪泵使用，把缸内大部分的鱼便抽入滤体，造浪泵工作时鱼便会漂浮整个鱼缸，把水体全部过滤需要一定时间，在这段时间里鱼便有部分溶解在水里，污染水体使氨含量升高，使鱼容易生病，因此需要常用吸管把鱼便吸取出来及换水，以减轻过滤的负担。
