溶酶体的酶有3个特点：
1、溶酶体膜蛋白多为糖蛋白，溶酶体膜内表面带负电荷。所以有助于溶酶体中的酶保持游离状态。这对行使正常功能和防止细胞自身被消化有着重要意义；
2、所有水解酶在pH值等于5时左右活性最佳，但其周围胞质中pH值为7、2。溶酶体膜内含有一种特殊的转运蛋白，可以利用ATP水解的能量将胞质中的氢离子泵入溶酶体，以维持其pH5；
3、只有当被水解的物质进入溶酶体内时，溶酶体内的酶类才行使其分解作用。一旦溶酶体膜被损，水解酶逸出，导致细胞自溶。
