分子间氢键是指氢键发生在两个分子之间，而分子内氢键是指氢键发生在同一分子内。其中，分子间氢键又分成同类分子间氢键与异类分子间氢键，而分子内氢键通常发生在顺式或相邻位置中。
分子内氢键使得溶沸点降低、溶解度减小，分子间氢键使得溶沸点升高、溶解度升高，这是因为分子间氢键使相邻分子之间的作用力更强，而形成分子内氢键将减弱相邻分子间的作用力，所以二者对物质的物理化学性质的影响刚好相反。
