工资到5000元的时候要扣除个税。基本工资超过5000元，要交个人所得税，应纳个人所得税税额等于应纳税所得额乘适用税率减速算扣除数。应纳税所得额等于扣除三险一金后月收入减扣除标准。
【法律依据】
根据《个人所得税法》第十一条，居民个人取得综合所得，按年计算个人所得税；有扣缴义务人的，由扣缴义务人按月或者按次预扣预缴税款。
