使用柠檬酸来清洁，食品用的柠檬酸在一般五金行就能买到，通常是用来清洁饮水机的热水胆或热水壶的水垢，因为它是酸性物质，正好能中和水垢，所以也很适合用来清洁水族缸上的水垢，将一些柠檬酸加水调和，再用白棉沾酸性的水涂抹于水族缸上的水垢位置，轻轻涂抹即可，不需用力擦拭，因为它会自动溶解水垢，过度用力擦拭反而容易刮伤缸壁，在来回涂抹几次后水垢很快就会消失。
