建议不要生吃，跟黄豆一样，绿豆中同样含有抗营养因子如蛋白酶抑制剂、皂甙，它们可能刺激肠胃，导致轻度消化不良。豆芽生吃可能会中毒。
豆芽质嫩鲜美，营养丰富，但吃时一定要炒熟。否则，由于豆芽中含有胰蛋白酶抑制剂等有害物质，食用后可能会引起恶心、呕吐、腹泻、头晕等不良反应。因为大豆类含有抗营养成分的物质（如抗凝血素、胰蛋白酶抑制素及生物碱等），不利于营养的吸收。因此，凡是豆芽都应该炒熟了吃；而且绿豆芽最好在起锅之前放点醋，不但味美，还能保护维生素C等营养成分不丢失。黄豆芽则最好是炖肉（或骨头）吃，这样可以使人体充分地消化吸收豆瓣中丰富的蛋白质和油脂。
