蜂蜜的正常生产流程是这样：在合适的季节和花期，蜂蜜的自然成熟时间，一般是7-10天，夏天温度特别高的时候，有些蜂蜜会提前1-2天成熟。蜂蜜成熟后，蜂农把蜂蜜从巢脾里面摇出来，进行简单过滤，然后装桶，这是第一步。这个时候的蜂蜜当中会含有少量花粉，蜂胶，甚至死去的蜜蜂，观感也很差。
第二步是工厂环节，在蜂产品正式上市之前，工厂有几个重要的环节要做，检测，过滤，杀菌，灌瓶，装箱，然后出厂。检测和杀菌是两个非常重要的环节，检测项目主要包括菌落总数，抗生素，农药残留等等；杀菌是用高温瞬间将蜂蜜当中所含的致病微生物杀死，保留有益的菌群。当然，这个过程也难免会波及一些益生菌，好处是避免了上市后，蜂蜜可能导致的菌落总数超标，对人体带来的危害。
市面上对蜂蜜好坏的争论主要集中在这点上，很多自产自销的蜂农们喜欢强调工厂生产的蜂蜜都不是好蜜，甚至是假蜜，只有自己手里的蜂蜜才是好蜂蜜。很多消费者也是这样认为，这里面固然有蜂农们对生产工艺的不了解，但更多是因为利益驱动的原因，工厂的蜂蜜也是来自蜂农，为什么在自己手里是好蜜，到了工厂就不是好蜜呢？还有朋友可能会说，工厂生产的蜂蜜减少了益生菌，是不是意味着营养成分减少了呢？这种担心完全多余。蜂蜜当中所含的益生菌很多种，杀菌过程中死去的只是一小部分，其余的人体照样可以吸收到。其次，能不能吸收蜂蜜当中的营养成分还得看个人的身体状态，如果你的身体当中不需要补充益生菌时，再多也是浪费。
除了益生菌，蜂蜜中还有其他很多营养成分，比如糖类，维生素，微量元素，有机酸，蛋白质、等等，这些成分的含量比益生菌多得多，都能很好地调节人体免疫力，完全不必要对本身就占比很少益生菌存留多少而耿耿于怀。蜂蜜的杀菌工艺和牛奶一样，从来没有人质疑牛奶在杀菌过程中破坏了营养，但质疑蜂蜜的杀菌工艺，这本身就不科学。世界上任何一个国家，能够在正常商业渠道流通的蜂蜜产品，都是由工厂生产，都经过了杀菌这个环节。否则监管部门这关就过不了，还谈什么销售呢！因此，只要是自然成熟的蜂蜜，经过正规生产工艺处理的蜂蜜，就是好蜂蜜。
