1、设立根据不同：国有独资公司依照公司法设立，并受公司法调整。而一般的国有企业则是依照全民所有制工业企业法设立，并受全民所有制工业企业法的调整。
2、财产权性质不同：国家通过其代表国有资产监督管理机构，作为国有独资公司的股东，对公司财产依法享有和行使股权，国有独资公司对公司财产享有法人财产所有权。而一般的国有企业中，国家作为企业的所有人对企业财产享有所有权，企业作为法人单位对企业财产享有的是经营管理权。
3、管理体制不同：国有独资公司设立董事会，其成员由国有资产监督管理机构委派，其董事长、副董事长由国有资产监督管理机构从董事会成员中指定。法定代表人可由董事长、执行董事或经理担任。而一般的国有企业则实行厂长(经理)负责制，厂长或经理是企业的法定代表人。
