抄写时间不同，中间曾有修订。书的质量不同。由于抄书人水平参差，工作态度各异，也造成许多错讹。以文津阁本为例：文津阁本是北方四阁本最后一部抄成的，且距第一部文渊阁本成书有三年之久，对前三阁抄本存在的一些讹误作了修正，《四库全书》在成书后，曾作过两次全面复查。其中与文渊阁本仅集部差异达百分之六十二，史部差异则达百分之五十一。这些差异不仅存在于文字、提要和序、跋、附录，甚至在篇、卷上也存在重大差异，仅以宋人别集而言，文津阁本多于文渊阁本即有一百二十八种书一千多篇文。
