1、定义不同。房屋他项权证是房屋产权登记机关颁发给抵押权人或者典权人等他项权利人的法定凭证。房产证是购房者通过交易，取得房屋的合法所有权，可依法对所购房屋行使占有、使用、收益和处分的权利的证件。
2、持有者不同。房产证一般由产权人持有，房屋他项权是指除产权人及共有权人以外的其他团体或者个人对该房产涉及的权利，通常是抵押权利，他项权证由他项权人持有。
3、房屋他项权证主要是在办理贷款时使用。并由他项权人持有。根据担保法，房产设有抵押，即他项权证未注销，该房产处置权受到限制，未经抵押权人同意不得进行合法交易，不能办理产权过户等相关手续。
