关于哈尼族的祖先的民族起源，民族学和历史学界大致有四种观点：
1、东来说：东来说以滇南地区部分哈尼族采用父子连名谱系追根溯源到南京应天府柳树湾，或山西、河南、江西、贵州等地，并以此为依据，认为哈尼族与汉族的渊源同出一辙。
2、两向族源多种文化融合说：该学说认为今天从事山居农耕的哈尼族是“由青藏高原南下的北方游牧部落与云南高原北上的南方稻作民族，夷越融合而成的新型稻作农耕民族”。就族源论，“当是双向的、复合的，即南方土著民族与北方游牧民族的交汇与融合”。
3、红河两岸土著说：红河两岸土著说以出土文物为证据，认为哈尼族系红河地区的土著，与西北高原民族毫不相关。
4、“氏羌系统”南迁说：是比较流行的观点。它认为哈尼族同今天云南省境内十几个彝语支系的民族一道，其主流均同源于古代南迁的氏羌部落族群。根据史籍记载，这支古羌人，是于公元前3世纪活动于大渡河南的“和夷”部落。
