公七彩神仙鱼的体型比较大，并且头顶会凸起，颜色也比较暗淡，尾鳍与母七彩神仙鱼相比较尖，生殖器比较小，呈半圆尖形。而母七彩神仙鱼体型较小，头顶平滑，鱼体颜色鲜艳，尾鳍圆滑，生殖器较长，呈管状。
七彩神仙鱼分辨公母的方法一般来说，公七彩神仙鱼成年后的体型要大于母七彩神仙鱼的体型，不过公七彩神仙鱼的头顶上会凸起，而母七彩神仙鱼的头顶是平滑的，但是相对于高深的鱼种不太明显。
其次，身上颜色鲜艳的七彩神仙鱼一般是母鱼，相反，颜色暗淡的则就是公七彩神仙鱼。从尾鳍上看，尖的是公七彩神仙鱼，比较圆滑的则是母七彩神仙鱼。
另外，可以观察七彩神仙鱼的生殖器，位于两条腹鳍中间，母七彩神仙鱼的生殖器长度较长，并且呈现管状，而公七彩神仙鱼的生殖器较小，呈现半圆尖形。
