员工缺勤扣绩效后还要扣工资，对迟到工资的具体扣发，法律没有明确规定，可由用人单位依法制定的规章制度规定。无正当理由迟到，因为迟到导致用人单位经济损失的，员工还应当赔偿损失。
【法律依据】
根据《工资支付暂行规定》第七条，工资必须在用人单位与劳动者约定的日期支付。如遇节假日或休息日，则应提前在最近的工作日支付。工资至少每月支付一次，实行周、日、小时工资制的可按周、日、小时支付工资。
