如果说建房人分层出售，且卖方有产权证，合同是有效的。但是独立的房产证应该没办法办。如果遇到拆迁，征收部门只能与产权证上登记的所有人签补偿协议。具体内容协商书写即可。
法律依据：
《住房公积金管理条例》第二十六条规定
自建房公积金贷款条件如下：
一、能提供建造自住住房的有关证明材料;
二、具有所建造自住住房工程款的30%以上的自有资金。
申请人申请住房公积金贷款的，应当提供担保。
一般情况下，房屋要交易或者是出售都必须有两证，即使是农村自建房，都是要有房地产证和个人土地使用证。
还需要订立书面买卖合同，并且办理审批，过户等手续，房屋买卖合同需要由相关的职能部门审批，并且办理宅基地证或者是集体土地使用证的过户更名手续，到房产管理部门依法办理房产证的过户更名手续。
