就饰品而言玛瑙比水晶要好，但是二者从化学角度看是共生关系。水晶是一种单晶体的宝石，已坏水晶就是一个单一的晶体，由二氧化硅组成。玛瑙则属于多晶质集合体宝石，如果把玛瑙放到显微镜下你就会发现它实际上是由无数未下的二氧化硅类晶体组成的，可以想象成玛瑙是无数细小的水晶组成的，所以玛瑙往往是半透明的，水晶一般都是透明的。水晶是一种无色透明的大型石英结晶体矿物，它的主要化学成份是二氧化硅，跟普通砂子是“同出娘胎”的一种物质。当二氧化硅结晶完美时就是水晶，二氧化硅胶化脱水后就是玛瑙，二氧化硅含水的胶体凝固后就成为蛋白石，二氧化硅晶粒小于几微米时，就组成玉髓、燧石、次生石英岩。玛瑙化学成分为SiO2，可含有Fe、Al、Ti、Mn、V等元素，呈现出各种颜色，呈同心圆状和规则的条带状，可分为缠丝玛瑙，条纹玛瑙，苔纹玛瑙，火玛瑙，缟玛瑙等。
