日本无菌蛋之所以是无菌的，是因为鸡蛋用了巴氏消毒法来消毒过了。巴氏消毒，也被称为低温消毒法，能很好的保存生鸡蛋的状态。日本的无菌蛋，不仅仅是采用了巴氏消毒法，而且工厂会在鸡蛋还未产出小鸡状态的时候就已经开始严格把控了，日本的食品质量监督是非常严格的，尤其鸡蛋这样的东西，从小鸡开始就严格筛选，剔除病鸡，然后全机器化的将鸡蛋经行一系列的杀菌，清洗，装盒，上车运输。
