1、管理水平低：目前很多高校将辅导员的常规性工作等同于保姆工作、保卫工作，只强调辅导员所带班级学生的奖惩情况，忽视对辅导员在思想政治教育质量的考核以及对大学生成长、成才等方面的影响因素。从而使得高校辅导员对辅导员工作缺乏自信心和归属感。
2、缺乏辅导员岗位的重要性认识：高校辅导员不仅要在大学生成长、成才的路上进行合理的引导，还要对其适时地进行思想政治教育。这就要求高校辅导员不仅要有较高的政治觉悟，还要有较为全面的知识结构。各大高校在招聘辅导员时，缺乏行之有效的选聘标准，使得目前高校辅导员缺乏必要的知识水平。
3、缺乏思想政治工作的全员意识：思想政治教育是一项系统性的工程，需要很多相关部门共同协作。但是在现实工作中，辅导员管理的较多，在教学环节中渗透少。高校的管理者在思想认识上还存在着不足，他们认为教师只负责专业课的教学，思想政治工作则是由辅导员负责的。
