作废的发票认证了按以下规定处理：作废发票抵扣凭证审核系统会通知购货方主管税务机关进行协查，购货方主管税务机关会通知购货方作进项税额转出处理，并将协查结果回复给开票方主管税务机关，开票方重新开发票。
国家税务总局关于修订《增值税专用发票使用规定》的通知：第二十五条用于抵扣增值税进项税额的专用发票应经税务机关认证相符（国家税务总局另有规定的除外）。认证相符的专用发票应作为购买方的记账凭证，不得退还销售方。
按照现行增值税发票管理规定，需要同时具有下列情形的，才符合规定的增值税专票作废条件：
1、收到退回的发票联、抵扣联时间未超过销售方开票当月。
2、销售方未抄税(所称抄税，是报税前用ic卡或者ic卡和软盘抄取开票数据电文)并且未记账。
3、购买方未认证或者认证结果为“纳税人识别号认证不符”、“专用发票代码、号码认证不符”。
