软件工程专业是南开大学的重点科目之一，位于全国前列，是比较好的专业。学院目前已经建立了软件工程本科、软件工程硕士，同时享有计算机软件与理论、模式识别与智能系统工学硕士学科，以及计算机应用技术博士学科， 形成了较为完整的人才培养体系。
南开大学软件学院于2001年8月筹建，2002年1月正式成立，是首批经国家教育部、国家计委批准的国家示范性软件学院。软件学院充分利用南开大学的综合资源，以创 “ 国际先进、国内一流 ” 的软件学院为目标，秉承南开大学 “ 允公允能，日新月异 ” 的校训，坚持求真务实、开拓创新、共享合作，为国家培养经济结构战略调整和软件产业发展所急需的高层次软件人才。
