聚丙烯酰胺凝胶电泳可用做蛋白质纯度的鉴定，聚丙烯酰胺凝胶电泳同时具有电荷效应和分子筛效应，可以将分子大小相同而带不同数量电荷的物质分离开，并且还可以将带相同数量电荷而分子大小不同的物质分离开。SDS聚丙烯酰胺凝胶电泳可测定蛋白质分子量，其原理是带大量电荷的SDS结合到蛋白质分子上克服了蛋白质分子原有电荷的影响而得到恒定的荷质比。聚丙烯酰胺凝胶电泳可用于蛋白质定量，电泳后的凝胶经凝胶扫描仪扫描，从而给出定量的结果，凝胶扫描仪主要用于对样品单向电泳后的区带和双向电泳后的斑点进行扫描。
