方法如下：1、如果是少量蛋白虫，用开水烫滤材即可。如果蛋白虫较多的，一定要全面清理过滤设备，把所有用过的生化棉、过滤棉进行更换。2、用过的过滤设备都通过高锰酸钾消毒也可以消除蛋白虫。3、全缸换水，把鱼捞出，全面擦缸，而且用高锰酸钾刷缸。4、减少喂食，勤洗滤材，减少鱼的密度。5、用药，可以通过肠虫清和敌百虫来治理，简单快速，可以有效的杀死蛋白虫及其虫卵。