1、新鲜的金针菇中含有秋水仙碱，食用后容易中毒。人食用后容易因氧化而产生有毒的二秋水仙碱，它对胃肠黏膜和呼吸道黏膜有强烈的刺激作用。但是。秋水仙碱易溶于水，充分加热后即可破坏，所以，食用鲜金针菇前，应将其在冷水中浸泡2小时，烹饪时要把金针菇煮软煮熟，以便秋水仙碱充分分解掉。
2、金针菇并不是特别干净的食物，虽然是无毒的真菌食物，但也含有较多较多的细菌，生吃时不能确保菌类被完全杀灭，有很大的感染风险，容易引起腹泻、腹痛等症。
