对于作废电子发票，应将作废发票代码、号码等内容记录在纸质发票上，开票期后三个月内携带作废发票原件，向主管地方税务机关办理作废电子发票验销。逾期未验销作废电子发票，不能继续在线开票。
若遗失已开具发票（未交付款方），应立即在开票系统作废该电子发票，以书面形式报告向主管地方税务机关提交挂失报告并填写《遗失声明作废刊出登记表》，经税务机关审批后到具有全国报刊号的报纸上公告声明作废。主管地方税务机关在大集中系统“作废电子发票验销”模块录入遗失发票印刷流水号，选择“遗失作废”，按发票管理有关规定进行发票违章处罚。如纳税人非开票当月遗失已开具发票，应立即办理挂失，按开具红字发票手续处理，备查资料中以遗失声明代替红字发票原件，主管地方税务机关应按发票管理有关规定进行发票违章处罚。
