尼尔机械纪元真结局，真正的结局，只有ABCDE五种，A结局，对应A路线，操作2B。B结局，对应B路线，A路线结束后就会自动开始，剧情和A路线一样，只是操作9S。C结局，B路线剧情的后续，最终之战选择9S。D结局，B路线剧情的后续，最终之战选择A2。E结局，看过C和D后再次选择其中之一会触发。每看过一种结局，存档选择画面就会多一个对应的字母。看过B结局，游戏画面会变为月之花之地。看过E结局加选择YES，游戏画面会变为9S的武器和他的小背包。(暗指E结局后的心灵鸡汤)
