两个专业各有各的优势，无法进行具体比较。
会计专业：属工商管理学科，是一个应用性较强的专业。本专业设有企业会计、国际会计、注册会计师等三个专业方向。专业以企业会计为主，兼顾计算机与财务管理。多方位培养学生处理会计业务与管理财务的操作能力和创新能力。本专业培养具备管理、经济、法律和会计学等方面的知识和能力，能在企、事业单位及政府部门从事会计实务以及教学、科研方面工作的工商管理学科高级专门人才。
工程管理专业：出现在20世纪80年代末期。该学科主要培养具有管理学、经济学、土木工程技术、计算机管理和外语的综合知识，能在国内外工程建设领域，从事项目决策和全过程管理的复合型、外向型、开拓型的高级管理人才。学生在校学习期间，要接受工程师和经济师的基本素质训练，打好工程技术、管理、经济、法律、外语及计算机应用方面的基础。
