红箭鱼分公母有两个方法。第一个是看体型，体细长，体色鲜艳的是公鱼，体肥大，体色逊于雄鱼的母鱼。第二个是看鱼鳍，公鱼尾鳍下方有剑，各鳍的末端均较尖，最明显的是臀鳍已转化为性交接器。
母鱼各鳍末端较圆钝，尾鳍下方无剑，无伸出的交接器，泄殖孔较明显。
