因为古文经学与古文经学在同一时期的思想上、学术上等的观点不一致，导致了两学派之间的争论。
今文经学指汉初由儒生口传，并用当时流行的隶书记录下来的经籍。今文经学认为六经皆孔子所作，视孔子为托古改制的“素王”；注重阐发经文的“微言大义”，主张通经致用；以董仲舒、何休等为代表，最重《春秋公羊传》。
古文经学则指汉代前期从民间征集或孔子故宅壁间所发现的用先秦古籀文字写成的经籍。古文经学崇奉周公，视孔子为“述而不作，信而好古”的先师；偏重训诂，与现实政治问题联系较弱；以刘歆、贾逵等为代表，最重《周礼》。
