夏商属梁州地,周属巴子国,秦属巴郡朐忍县。东汉建安二十一年刘备分朐忍地置羊渠县,治城今长滩,为万州建县之始。蜀汉建兴八年,治城迁至今万州区南岸。西魏废帝二年,改南浦为鱼泉县,徙治江北。北周时期先改鱼泉县为安乡县,后又改万川县,与南州和万川郡同治。隋开皇十年,废万州郡,改万川县为南浦县,与南州同治。炀帝大业三年,省南州、南浦县归属巴东郡。
唐武德二年置南浦郡,领梁山、南浦、武宁3县;武德八年改南浦郡为浦州。贞观八年改浦州为万州,天宝元年改万州为南浦郡,乾元元年恢复万州,仍与南浦县同治。元世祖至元二十年,省南浦县入万州,领武宁一县。明洪武四年,并武宁县入万州,六年降万州为万县。民国二十四年设万县专区。