新疆有两所211工程大学，故新疆最好的大学为新疆大学和石河子大学。
新疆大学，简称“新大”，位于新疆维吾尔自治区首府乌鲁木齐，是1978年确定的全国重点大学，国家“211工程”建设高校、国家西部大开发重点建设高校、中西部高校基础能力建设工程高校、”卓越工程师教育培养计划“、”卓越法律人才教育培养计划“、教育部与新疆维吾尔自治区人民政府共建高校，“中西部高校联盟”成员。
石河子大学，简称“石大”，位于被誉为戈壁明珠的新疆石河子市，是国家 “211工程”重点大学，学校现有经济、法、教育、文、历史、理、工、农、医、管理、艺术等11大学科门类。拥有5个一级学科博士学位授权点，涵盖25个二级学科博士学位授权点；23个一级学科硕士学位授权点，144个相关二级学科硕士学位授权点；9种硕士专业学位授权类别，84个本科专业，4个博士后流动站。
