玉米根部发烂属于土传病害，在目前尚无有效的土壤处理药剂的情况下，应以农业预防为主。
1、选用抗病品种。
2、增施钾肥，提高植株抗病能力。
3、适时播种，避开病害对关键生育期的危害，减轻损失。
4、及时排除田间积水，防止透气不良而影响根系活力，预防病害。
该病多在玉米雌穗蔫须后表现症状，植株感病后，叶片突然出现青灰色青枯，似霜冻危害，根系和茎基部呈水浸状腐烂，并逐渐变为褐色。茎基部三、四节间，明显失水，变软变空，乃至干缩，后期植株易倒伏。
