纳豆和豆豉的区别主要在于原料不同、状态不同、味道不同。纳豆是以黄豆和纳豆菌味为原料制作而成的，豆豉是以黄豆或者黑豆为原料制作成的。纳豆具有粘性，搅拌后会出现丝状物。豆豉的颗粒比较完成、松散，质地比较硬。
纳豆的粘性比较大，味道闻起来有点臭，不过吃起来甜甜的。豆豉的味道比较鲜美，咸淡可口，没有任何苦涩味。由于纳豆有一种独特的味道和气味，所以很像腐烂的食物，但是可以吃的，若不能接受纳豆的口感，就不要食用了。
豆豉的种类比较多，按照加工原料，分为黑豆豉和黄豆豉。如果按照口味的话，可以分为咸豆豉和淡豆豉、水豆豉。豉以黑豆或黄豆为主要原料，之后进行发酵而成。
不管是豆豉还是纳豆，都是一种发酵食物，属于同源食品。豆豉发酵的时候不需要加入菌种，是利用空气中的细菌发酵而成，所以豆豉中含有许多细菌，其成分具有多样性和不确定性。纳豆的传统做法是利用稻草上的枯草芽孢杆菌发酵，也有少量杂菌，所以传统纳豆比较臭，但相对细菌种类比较少。
