特别篇没有具体在小说中描写，主要是回忆篇，算是给前面tv版做个合集总结一下吧。具体时间段发生在妖精之舞和幽灵子弹之间，结尾桐人的电话响起就是幽灵子弹的开篇，特别篇中在与菊冈的对话中提前把一部分幽灵子弹的台词加了进来。后期的海底战斗属于原创剧情，应该和圣剑SS篇类似的吧，反正也不影响主线，也正是结衣说看不到现实世界，所以在后来的圣母咏叹篇桐人特地在现实中做了专用摄像头给结衣使用。
