瓶装水危害的主要来源有两个：第一个是瓶子的质量安全，第二是水源的安全。
瓶装水的瓶子多采用PET塑料，这种塑料质轻、透明、不易破碎，但有学者认为该材质产生一种叫做乙基己基胺的潜在致癌物，热能会释放出塑胶里的有毒物质进入水中。另外，锑是塑料水瓶制作过程中的触媒催化剂，水放得越久，瓶里的锑释出越多，半年就会增加一倍。尽管其含量仍在世界卫生组织的标准值内，但曾有研究表明锑会导致肺癌；饮用水水源的安全，购买后放置受光照容易滋生藻类等，打开后随时间细菌数目几何倍增加。
